Программа «Юный исследователь» имеет эколого-биологическую направленность, носит практико-ориентированный характер. Тематика блока, посвященного изучению основ микроскопирования, соответствует программе биологии средних классов и служит поддержкой практической части этих курсов. Учащиеся не только развивают навыки работы с микроскопом, но и обучаются простейшим методам исследовательской деятельности.